舊式分類法（外觀+產區）左到右: Forastero, Trinitario, Criollo

Geographic and Genetic Population Differentiation of the Amazonian Chocolate Tree (Theobroma cacao L) by Juan C. Motamayor Philippe Lachenaud Jay Wallace da Silva e Mota Rey Loor David N. Kuhn J. Steven Brown Raymond J. Schnell via PLoS / CC BY 3.0 / Modified by countries drawn on original

從舊的基因族群資料的角度來看（過度籠統），可可豆可分為兩種：
Criollo 及 Forastero

以植物學家的角度來看，它們是Theobroma cacao樹種下的亞種：
cacao（Criollo）以及sphaerocarpum（Forastero）

若以傳統的栽培種（cultivar）分類，嚴格來說是外觀及產區來分類，可可豆可分成三或四種：
1. Criollo，Trinitario，Forastero
2. Criollo，Trinitario，Amelonado, 以及Nacional（後兩種普遍被歸類在Forastero下）

Criollo，念做 [cree-yo-yo]，在西班牙語的意思是“原生”（native）。生產出來的可可豆有偏低的巧克力味道（大家認知裡的味道），偏多的則是果香，堅果，等等味道（想像咖啡豆，大概就類似耶加雪菲Yirgacheffe在咖啡豆裡的地位那種感覺吧）可可豆內部顏色偏淡，有時候製作出來的黑巧克力顏色甚至會跟牛奶巧克力一樣淡呢！由於這種可可樹是容易受到病蟲侵害，所以產量大約佔總產量的1-5%。主要產地有委內瑞拉，中美洲，馬達加斯加，斯里蘭卡，以及薩摩亞。有名的品種（variety）有“Porcelana”，“Chuao”，及“Carupano”。

市佔率最高的可可豆則是Forastero（西班牙文“外來”的意思）。可可豆的顏色普遍是紫色的；由於樹生長的快，果實產量也高，佔世界總產量的80%（西非洲出產的豆子大多被歸類在這下面吧）。原生種生長的區域在亞馬遜下游，18世紀的時候開始在葡萄牙在巴西的殖民地巴伊亞州種植栽培種名為“Amelonado”（因為長得像香瓜）的可可樹。巴西的獨立帶給葡萄牙經濟上的損失導致葡萄牙把注意力集中在西非洲的殖民地。在殖民結束後，可可莊園的經營模式還是延續著殖民時期使用的強迫勞動（奴隸制做法），雖然讓巴西巴伊亞州以及西非洲成了可可豆的生產主力區，但繼續存在的強迫勞動帶來的問題是一定要探討及解決的。(更多資訊可以google“非洲可可童工”）

再來說明一下Trinitario。1725年，西班牙殖民於千里達島（Trinidad）有栽種大量的Criollo可可樹種，可是在1727年時某種不知名的病害以及大地震導致大量的損失。所以就有人從亞馬遜帶不同的可可樹種，千里達島人稱做“forastero calabacillo”（西班牙文“外來的瓠瓜”），來栽種，再來跟存活下來的Criollo可可樹做混交種（hybridization）。千里達島的可可樹也有大量的移植到非洲去栽種，所以才來自千里達島（Trinidad）的可可樹產出的可可豆就有現在Trinitario這個名稱。而在舊的分類方式下，全部Criollo跟Forastero的混雜種全部都叫做Trinitario。

最後的Nacional，只有在接近安迪斯山脈的厄瓜多有產，產量稀少。Nacional可可豆有種特別的花香被稱為“Arriba”。傳說，“arriba”這名稱是這樣子得到的：19世紀時，有個瑞士的巧克力師傅去到厄瓜多，聞到了Nacional可可果實的濃厚香氣。於是問了這果實是哪裡來的？得到的回覆是“de rio arriba”（河的上游），從此之後這特殊的香氣就一直被稱為“Arriba”了。“Arriba”由來有另一個說法。西班牙文的arriba是above的意思，以前Nacional產區是在西班牙一個造船港口的北邊，所以Nacional產區以前也被稱為arriba。現在arriba跟Nacional就都被掛在一起了。

以上述說的4種可可豆品種分類還是普遍被採用。但藉由基因遺傳學的進步，有研究使用簡單重複續列（microsatellite）來分類可可豆產地採集的遺傳資源（germaplasm）。他們利用Nikolai Vavilov的植物起源中心，也就是變異中心，推測可可樹應該是源於亞馬遜河一帶，採集了近千的樣本。研究結果顯示，市面上可可豆品種分佈在多達10種的基因族群裡，比原本認知的2種足足多了5倍呢！這是2008年的研究報告歸類的10個新的基因族群：Marañon, Curaray, Criollo, Inquito, Nanay, Contamana, Amelonado, Purús, Nacional, 以及Guiana，分佈可以參考上圖。有更精確的資訊就可以更快的找到那些基因是負責防蟲害，病害，又或者有某些特有的香氣；也可以由新的基因資訊來培育出有些現在很稀有的純種可可樹。研究者是希望未來可以用這新的資訊在可可豆的分類，品種維持，及配種上做利用。

updated on 2017.12.07 多了基因分類分佈圖，以及稍微提起怎麼推測植物來源中心

參考資料 references:
-Beckett, S.T. (2009), ‘Cocoa Beans: From Tree to Factory’, in Industrial Chocolate Manufacture and Use, 4th edition, Beckett, S.T. (ed.), Wiley-Blackwell
-http://www.plantsciences.ucdavis.edu/gepts/pb143/CROP/CACAO/Cacao.htm
-http://www.cacaoweb.net/cacao-tree.html
-http://destination-ecuador.net/uncategorized/ecuadorian-arriba-chocolate-just-what-is-it/
-Grivetti, Louis, and Howard-Yana Shapiro. Chocolate: History, Culture, and Heritage. Hoboken, N.J: Wiley, 2009. Print.
-Motamayor JC, Lachenaud P, da Silva e Mota JW, Loor R, Kuhn DN, Brown JS, Schnell RJ: Geographic and genetic population differentiation of the Amazonian chocolate tree (Theobroma cacao L). PLoS ONE 2008, 3: e3311
-https://www.c-spot.com/atlas/chocolate-strains/primary-strains/